正是在这一背景下，各种方案的争议，集中在两大关键点。
一大争议是：从保障模式看，在目前财力有限的条件下，基本医疗保障究竟应当优先保小病还是保大病？
北大、国研中心和卫生部等机构均支持“保小病”；清华、北师大、财政部、劳动部等则纷纷主张“保大病”。
国研中心的建议称，“保大病”看似合理，事实上根本行不通，其基本结果只能是以牺牲大部分人基本医疗需求，来满足部分社会成员的大病保障需求，医疗卫生事业的公平性无法实现。另外，医疗卫生的理论和实践已经证明，很多疾病特别是部分大病的发生是无法抗拒的自然规律，对很多大病的治疗和控制，成本很高而效益很低，将保障目标定位为大病，不符合效益原则。
清华大学的方案则指出，医疗保障的主要目的是减少人们因疾病而面临的风险，特别是解决有病看不起或因病致贫等问题。大病给人们带来的风险最大，所带来的“有病看不起”或因病致贫等问题最严重。因此，必须对大病医疗提供保障。而小病医疗费用较低，财务风险不大，大部分人都能支付得起。在优先保大病的同时，辅之参保人员进行定期体检，则将大大减少小病不治拖成大病的问题。
此外，保大病管理难度较小。由于大病发生频率较低，发生时认定与监控相对容易，道德风险较小，较有利于实行按病种付费等控制成本的手段，费用比较容易控制。尽管每次大病发生时保障机构的花费较大，但总体财务风险较小。而小病则相反，在我国目前保障机构管理能力还较弱的情况下，保障小病的风险很大。
另一个争议是：对于与保障模式对应的筹资手段，即政府投入究竟是直接资助医疗服务提供者医疗机构（补供方），还是补贴消费者购买医疗保险（补需方）？
北京大学、国研中心等被认为是“补供方”的典型代表，清华大学、北师大等机构则是旗帜鲜明“补需方”支持者。
某种程度上，保小病意味着由卫生机构提供免费医疗。北京大学、国务院发展研究中心等机构给出的医改方案提出，国家应直接向医疗卫生机构拨出更多资金，从而为国有医院、乡镇卫生院等提供支持。国家的投资将用于建设新医院、更新设备，并为维持这些机构的运转提供资金。由于政府补贴相对有限，因此需要界定一个属于政府付费的“基本医疗服务包”，在此范畴内，人们可接受免费医疗，或只是交纳象征性的费用。
北师大方案则认为，公费基本医疗保健制度将会成为财政的无底洞，真正的解决之道在于将初级卫生保健服务同大病住院服务整合到同一个医疗付费体系中。人为地将大病小病一分为二，设立两套服务的付费者和机构的举动，是叠床架屋的无用功。
清华方案也认为，补医院必然带来医疗事业单位规模的扩大，给本已进展缓慢的事业单位改革问题增加难度。为保证资金的利用效率，把财政资金投给需方才是合理之道。
世界卫生组织机构也倾向于“补需方”。世界卫生组织机构建议，为了弱化医患之间的信息不对称，降低过度医疗和诱导医疗的痼疾，中国政府应该改变目前的医疗付费方式，逐步从目前的现金支付、病人付费过渡到预付和集资形式，如总量控制、人头预算和按病种付费的支付方法，取消按服务项目收费的传统形式。据此，医疗服务将不再是“免费午餐”，而需要由市场定价，以此引导医疗机构为赢得“客户”而进行竞争，从而提高服务质量，降低价格。
此外，对于医疗卫生服务的提供部门，究竟以公立医院还是非公立医院为主，争议始终非常激烈。在最新的医改方案中，最终形成了以公立医院为主、鼓励社会参与、建立多层级多类型的非公立医院共同发展的共识。但对于具体操作细节，各机构仍持不同看法。
卫生部倾向于由政府强势控制一定规模的公立医院。首先由政府制订统一区域卫生规划，根据公共卫生服务和居民基本医疗服务需求，确定保留公立医疗机构的数量和规模，其余的公立医院可引入市场机制，吸收社会资金，改制改造成社会非营利或营利性医疗机构；对于保留的公立医院，由政府确定收费标准和收入规模，不鼓励创收。支出要由政府核定，给予保障，实行“核定收支，收支挂钩，超收上交，差额补助”的经济机制。
北大方案则认为，可首先将医院分级，由政府投资承担基层一级和二级医院的主要职能，如公共卫生、基本医疗、健康教育和健康管理等。三级医院则应允许利用优势资源服务高端人群进行创收，由此补贴公益性的基本医疗服务。而民营医院也享受税收减免等优惠待遇，成为非营利机构。
清华方案则更鼓励医院之间的竞争。据此，政府应当放宽准入，让不同性质的医疗机构平等共存，而社会保险机构一视同仁地对待不同所有制的服务提供者，以此逐步改革严重扭曲的价格体系。
在各种争议中，也有观点认为，规范医生待遇应该是医改的重要环节之一。中国医生待遇偏低是不争的事实，远低于其人力资本投资和所创造出的价值。在新的医疗体制中，应该让医生的待遇能通过某种机制，随着他的医术和服务质量的提高得到解决，而不能也不必通过“宰”病人来增加自己的收入。
“政府主导”辨析
不同的思路头绪繁杂，表面上，分歧在于筹资模式和医疗服务的支付方式，而背后则隐含着不同部门的权力之争和利益之争。
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